分居协议书法律效力的认定方式：订立协议的主体具有完全民事行为能力，且协议内容以及形式不违反国家强制性规定，是双方真实意思表示，该分居协议书有效。否则，协议无效。且因感情不和而分居满两年的，应视为夫妻感情确已破裂，一方起诉离婚，法院经调解无效的，应准予离婚。

分居协议的注意事项

1、规定双方的权利和义务。尤其要说明在分居期间，夫妻双方不再有义务与其丈夫或妻子同居。2、协议中要说明子女有谁抚养，抚养费如何承担以及探望权如何行使。3、可以对分居期间的财产进行约定，如无约定或无法达成协议，则仍视为夫妻共同财产。等等。

《中华人民共和民法典》第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。