坐席员告诉该财务人员，联运业务纳税应当区分以下三种情况：

一、自开票纳税人从事联运业务的。根据《货物运输业营业税征收管理试行办法》第十四条规定，对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。该条同时规定，联运必须同时符合以下三个条件：自开票纳税人必须参与该项货物运输业务；联运合作方向自开票纳税人开具货物运输业发票；自开票纳税人必须将其接受的货物运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。也就是说，对自开票纳税人不符合联运的三个条件的，其计税营业额不减除支付给其他联运合作方的各种费用，应当按全额计算缴纳营业税。

二、代开票纳税人从事联运业务的。根据财政部、国家税务总局《关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16号）规定，经地方税务机关批准使用运输企业发票，按交通运输业税目征收营业税的单位，将承担的运输业务分给其他运输企业并由其统一收取价款的，以其取得的全部收入减去支付给其他运输企业的运费后的余额为营业额。也就是说，对未经地方税务机关批准使用运输企业发票的单位和个人，不得按差额缴纳营业税。国家税务总局《关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发〔2004〕88号）规定，代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。

三、从事联运业务的特殊规定。国家税务总局《关于客运飞机腹舱联运收入营业税问题的通知》（国税函〔2005〕202号）规定，中国国际航空股份有限公司（简称国航）与中国国际货运航空有限公司（简称货航）开展客运飞机腹舱联运业务时，国航以收到的腹舱收入为营业额；货航以其收到的货运收入扣除支付给国航的腹舱收入的余额为营业额，营业额扣除凭证为国航开具的航空货运单。由此可见，航空联运与陆运、水运是有区别的，航空联运扣除凭证为航空货运单，而陆运、水运扣除凭证为货物运输业发票。