补充协议无效不会影响主合同。主合同是无须以其他合同存在为前提即可独立存在的合同，具有独立性。主合同在发生法律规定或当事人约定的情况后，合同当事人之间的权利义务关系消灭，合同的法律效力终止，与补充协议的效力无关。

一、该如何判定补充协议效力

补充协议效力判定：当补充协议的约定与原合同不发生冲突时，补充协议和原合同都是有效的。当补充合同的约定与主合同的约定发生冲突时，以后的约定条款为准。因此，补充合同的效力优于主合同。之前签订的合同代表了当时双方的合同，之后双方可以通过协商改变或增加合同中的一些条款。签订后的合同表达了双方目前的合同。时间后的约定实际上是对主合同原约定的重新修订，这是补充合同的本质和本质。

三、主合同与从合同的区别

主合同与从合同的区别是：

主合同是无须以其他合同存在为前提即可独立存在的合同。这种合同具有独立性。从合同，又称附属合同，是以其他合同的存在为其存在前提的合同。保证合同、定金合同、质押合同等相对于提供担保的借款合同即为从合同。从合同的存在是以主合同的存在为前提的，故主合同的成立与效力直接影响到从合同的成立与效力。但是从合同的成立与效力不影响主合同的成立与效力。