如果有证据证实员工违反公司规章制度，企业可以以扣发部分工资的形式进行处罚，但是该规章制度必须经过程序公示，并且不得高于职工工资的20％。

因劳动者本人的原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可依据国家有关规定以及与法律法规不相抵触的劳动合同、承包合同的约定和企业内部规章制度要求劳动者赔偿经济损失。赔偿损失可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。且扣除后的剩余工资部分不应低于当地最低工资标准。

一、员工犯错公司扣除全部工资是否违法

依据我国相关法律的规定，员工犯错后公司扣除全部工资是属于违法的行为，员工犯错造成损失的，经济损失的赔偿不超过劳动者当月工资的20％。

依据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、辞退员工赔偿标准是什么

1、用人单位违反劳动合同法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照劳动合同法规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

2、经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算。不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。