公司与女职工终止劳动合同后，女职工诊断出在劳动关系存续期间已经怀孕的，应充分考虑用人单位是否存在主观故意。若终止劳动合同前，劳动者未将怀孕事实告知用人单位，用人单位终止劳动合同，劳动者亦未提出异议，即用人单位不存在主观故意行为，不应视为其构成违法终止劳动合同，无需支付违法终止劳动合同赔偿金。

女职工在受孕后都有一个待发现的过程，从客观受孕到主观上认识已经怀孕，本身就有一个时间过程。女职工在三期的情形下劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止，说明是否应继续履行劳动合同，并不以用人单位是否知情为前提，而是基于女职工的怀孕事实。对于用人单位在不知情的情况下终止已怀孕女职工的劳动合同，虽无需支付违法终止劳动合同赔偿金，但应继续履行劳动合同。

律师补充：

在女职工孕期、产期、哺乳期期间，除女职工提出终止劳动合同或严重违反用人单位规章制度等情形外，用人单位不得单方与女职工解除劳动合同。若劳动合同期满时女职工存在相应情形的，劳动合同应当续延至该情形消失时终止。若用人单位在相应期间解聘女职工，则必须依法继续履行原劳动合同或按照规定向女职工支付赔偿金。

【法律依据】

《中华人民共和国妇女权益保障法》

第四十八条用人单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资和福利待遇，限制女职工晋职、晋级、评聘专业技术职称和职务，辞退女职工，单方解除劳动（聘用）合同或者服务协议。

女职工在怀孕以及依法享受产假期间，劳动（聘用）合同或者服务协议期满的，劳动（聘用）合同或者服务协议期限自动延续至产假结束。但是，用人单位依法解除、终止劳动（聘用）合同、服务协议，或者女职工依法要求解除、终止劳动（聘用）合同、服务协议的除外。

用人单位在执行国家退休制度时，不得以性别为由歧视妇女。