实质不同：首次流转是指集体土地所有者与建设用地使用者之间的土地使用权流转关系。再次流转是指土地使用者相互之间的土地使用权流转关系。

与建设用地使用权的关系不同：所谓的“首次流转”，实质上是土地使用权与土地所有权的初次分离。在我国现行土地制度下，这种分离与建设用地使用权的取得实质上属于同一过程，通常会涉及到土地用途的改变和土地利用规划的实施。因此，集体建设用地使用权与所有权分离的前提是政府依法审批。虽然“首次流转”中土地所有者与使用者之间的流转协议，最终还要经人民政府的批准，但这种批准是被动的、形式上的，很难体现审批的真正意图。在政府审批把关不严的情况下，很可能导致大量土地在乡(镇)政府的操作下涌入市场，耕地保护将更加艰难。首次流转主要发生在集体土地所有者与土地使用者之间，通常是在地方政府的操作下进行。其结果通常是增加建设用地的供给总量，而不是提高现有存量建设用地的利用率。

再次流转仅限于建设用地使用权的流转，一般不涉及到农地的转用问题和规划的变更，也无需政府审批。以所谓的“首次流转”获得建设用地使用权的做法，实质上是规避政府审批的非法占地行为。

监管方面不同：首次流转如果监管不力，极易造成土地供给失控，产生严重的社会后果。再次流转比较容易监控，以通过流转合同、土地使用权变更登记、税收、价格等手段予以监控。

集体土地流转存在首次流转与再次流转的区别，集体土地所有权只能是单向性的唯一一次流转，但土地使用权却可以再次流转。所以在土地流转过程中须严格依法、依规确定，否则将引起集体土地流转过程中法律适用的混乱或混淆。