棚户区改造回迁时出现纠纷可以向人民法院起诉。拆迁补偿安置协议签订后，被拆迁人或者房屋承租人在协议约定的搬迁期限内拒不搬迁的，拆迁方可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以立案依法向人民法院提起的民事诉讼，在诉讼期间，拆迁人可以依法向人民法院申请先予执行。

棚户区改造遇到强制拆迁怎么办

1、棚户区进行改造时，如果遇到强制拆迁的，可以按以下情形处理：

（1）如果当事人对强制拆迁不服的，可以在收到补偿决定后，在规定的期限内依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼；

（2）如果遇到违法的暴力强制拆迁，可以向公安机关报案，维护自己的合法权益。

2、法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条

房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。

被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。

第三十二条采取暴力、威胁等方法阻碍依法进行的房屋征收与补偿工作，构成犯罪的，依法追究刑事责任；构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚。

《中华人民共和国城市房屋拆迁管理条例》第十五条拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在搬迁期限内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院起诉。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。