应当参照合同约定的工程价款进行结算。

方式签订的建设工程无效合同，如果工程已实施，依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》进行结算。

一、建设工程质量保证金什么时候才能退？

工程质量保证金什么时候返还这个问题，需要区分合同有效和无效的情形。

第一种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，且对质量保证金返还期限双方作出约定，应在约定质量保证金期限届满后返还。

第二种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，但对质量保证金返还期限双方未作约定的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。

第三种情形：若双方签订的建设工程施工合同无效，约定的质量保证金返还条款为无效条款，应按双方没有约定处理，自建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。

如果因发包人原因致使建设工程未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日开始计算工程质量保证期限。

二、常见的建设工程合同纠纷有哪些纠纷问题

常见的建设工程合同纠纷如下：

1、施工合同的效力问题；

2、合同无效是否进行结算；

3、备案合同和补充协议，即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据；

4、对建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾越不结算是否认可送审价的问题；

5、工程结算采取何种的标准问题；

6、诉讼中，造价司法鉴定的范围；

7、关于工程质量、工期、农民工利益问题。

三、建筑工程施工合同司法解释

建设工程施工合同的司法解释是《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，该司法解释是根据《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国民事诉讼法》等法律规定，然后结合民事审判实际制定的关于建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释。