根据民法典和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，房屋灭失后，利害关系人可以申请房屋确权。然而，对于土地被征用的情况，需要根据具体法规来判断是否可以进行确权。根据土地管理法的规定，土地被征用后，土地的所有权会发生变更，因此土地确权对于有争议的土地国家明文规定不予确权。因此，如果土地被征用属于非法征用，那么土地的所有权不会发生变更，也不会影响房屋确权。但如果土地被征用是合法的，那么在房屋灭失后，利害关系人可以申请房屋确权。但是，如果房屋灭失后，利害关系人对灭失房屋所有权有争议，则需要通过其他途径解决，例如和解、调解、仲裁或诉讼等途径。

中华人民共和国乡镇企业法： 第二十八条 举办乡镇企业，其建设用地应当符合土地利用总体规划，严格控制、合理利用和节约使用土地，凡有荒地、劣地可以利用的，不得占用耕地、好地。

举办乡镇企业使用农村集体所有的土地的，应当依照法律、法规的规定，办理有关用地批准手续和土地登记手续。

乡镇企业使用农村集体所有的土地，连续闲置两年以上或者因停办闲置一年以上的，应当由原土地所有者收回该土地使用权，重新安排使用。

中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第三章 房地产开发 第二十八条 依法取得的土地使用权，可以依照本法和有关法律、行政法规的规定，作价入股，合资、合作开发经营房地产。

中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第二章 房地产开发用地 第一节 土地使用权出让 第二十一条 土地使用权因土地灭失而终止。