合作医疗一般是到乡镇的民政部门去办理。合作医疗需要拿着户口册和身份证，带上两张照片，到户口所在地的基层民政部门医保办办理。新型农村医疗合作制度的基金采取专户存储，专款专用的方式，严禁任何单位和个人违法挪用。参加合作医疗的农民到县（市）、乡（镇）、村定点医疗机构就诊时，可直接按规定减免或报销部分医药费用。《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。

合作医疗跟医保的区别

社保和农村合作医疗保险的区别如下：

1、对象不同：

（1）农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民；

（2）社保参保对象为在职职工或城镇居民。

2、范围不同：

（1）社保中的医保，可以用于药店买药、住院治疗报销等；

（2）新农合目前在多个城市只有住院才能报销，少部分城市看病就诊也可以报销。

3、收费不同：

（1）农村合作医疗，收费比较低，而且是农户自己缴费；

（2）而医疗保险，则收费比较高，而且很多时候，是个人与所在单位共同缴纳。

4、保障期限不同：

（1）农村合作医疗保险是交一年保一年；

（2）社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。

5、报销比例不同：

（1）农村合作医疗保险报销比例较低；

（2）而社保中的医疗保险报销比例较高。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条

中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。

个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。

《新人口与计划生育法》第十七条