申请司法赔偿需遵循程序：向赔偿义务机关提出请求，机关2个月内作出决定。如机关不赔偿或数额有异议，可向上级机关申请复议，复议机关2个月内作出决定。如赔偿机关为法院，可向上级法院赔偿委员会申请决定。如复议机关逾期未决定，可向同级法院赔偿委员会申请决定。最后，如赔偿机关和复议机关一致，申请执行赔偿决定。

在申请司法赔偿时，需要遵循一定的程序。首先，当违法行为得到确认时，赔偿请求人应向赔偿义务机关提出赔偿请求。接着，赔偿义务机关应在收到申请之日起2个月内作出赔偿或不赔偿的决定。如果赔偿义务机关逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。复议机关应在收到申请之日起2个月内作出决定。如果赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。如果复议机关逾期不作决定，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。最后，赔偿请求人可以向复议机关的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。如果赔偿义务机关和复议机关对赔偿问题达成一致意见，赔偿请求人应自收到赔偿决定书之日起15日内向赔偿义务机关申请执行。

司法赔偿程序规定明确，申请人需按规定向赔偿义务机关提出请求。机关应在2个月内作出决定，如逾期或赔偿数额异议，可向上级机关申请复议。复议机关须在2个月内作出决定。如赔偿机关为法院，可向上级法院赔偿委员会申请决定。如复议机关逾期，可向同级法院赔偿委员会申请决定。最后，申请人可向同级法院赔偿委员会申请决定。若赔偿机关和复议机关达成一致意见，申请人应在15日内申请执行。以上为司法赔偿程序要点。