司法赔偿程序，是指国家司法机关或司法人员的司法侵权行为造成公民、法人和其他组织的人身权和财产权损害后，受害人如何行使赔偿请求权，有关司法机关和法院赔偿委员会如何履行司法赔偿责任的方式、步骤、顺序和期限。

我国现行司法赔偿程序的特点：第一是采用国际通行原则，由法院终局解决司法赔偿纠纷，司法侵权行为受害人请求司法赔偿应首先向赔偿义务机关提出，赔偿义务机关逾期不予赔偿或者对赔偿数额有异议的，可以向其上一级机关申请复议，对复议机关不作决定或对复议决定不服的，再向人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿委员会的决定为终局决定。第二，法院赔偿委员会适用非诉讼决定程序。司法赔偿纠纷经过协商、复议程序后仍未解决的，国家赔偿法规定，由人民法院内设的赔偿委员会终局解决。

现行赔偿法确定的我国司法赔偿程序，将检察机关错误拘留和逮捕、刑讯逼供，以殴打等暴力或者唆使他人以殴打等暴力或者违法使用武器、警械致人伤亡，违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的赔偿决定权，赋予人民法院，并为此在法院内部设立一个专门审判机构——赔偿委员会。

在法院赔偿委员会办理赔偿案件的程序中，赔偿请求人和检察机关是赔偿案件的双方当事人，虽不以原告、被告相称，但双方诉讼地位平等，赔偿委员会法官则居中裁判。作为赔偿义务机关的检察院，应该接受赔偿委员会的调查、询问，提供相关证明材料，并应自觉履行赔偿委员会作出的赔偿决定，给付赔偿金等。