申请司法赔偿的程序主要有以下四个方面的内容:
1、确认违法行为存在。司法机关及其工作人员在行使职权时的违法行为是司法赔偿的前提条件。而这一条件的确认则可以由侵权机关主动或依照申请作出，也可以由其他有权机关作出。

2、提出赔偿请求。作出违法行为的机关为赔偿义务机关，赔偿请求人向赔偿义务机关提出赔偿请求后，赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。
3、申请复议。赔偿义务机关逾期未作出是否赔偿的决定，或者赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议，或者赔偿义务机关作出不予赔偿决定的。赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。复议机关应当自收到申请之日起2个月内作出决定。赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以向其上一级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
4、赔偿请求人向复议机关的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定;复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。