农村宅基地确权程序是：1．填写《农村宅基地使用权申报登记表》；2．向当地的村委会或者镇政府提供宅基地的审批手续；3．当地的国土局进行调查，与邻居确认双方的界限；4．确认完界限的予以公告，没有问题的发放宅基地使用权证。

不予宅基地确权的情形

1、宅基地不符合《乡镇土地利用总体规划》；

2、除继承和分居立户外，农户一户超过一处以上的；

3、非本集体经济组织成员或城镇居民在农村购买和建造的住宅；

4、土地权属有争议尚未处理结束的；

5、农村村（居）民因新建住宅，应当拆除而未拆除的旧宅或旧宅纳入土地置换项目规划，未复垦的；

6、空闲或房屋坍塌、拆除两年以上未恢复使用的；

7、因拆迁或原住宅依法被征收，已依法进行统一安置或补偿的；

8、土地违法违规行为尚未处理或正在处理的；

9、经批准后连续两年未使用的；

10、集体供养的五保户腾出的住宅；

11、因依法查封地上建筑物和其他附着物等原因限制土地权利的；

12、法律法规、政策规定的其他不予确权的情形。

《中华人民共和国土地管理法》第六十二条农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。