建设工程施工合同纠纷能不能仲裁主要是看双方双方当事人有没有约定仲裁，如果双方当事人有约定仲裁，而且约定的事项又属于可以申请仲裁的范围，那么就可以仲裁。

建设工程合同在约定仲裁条款时需要注意以下内容：

第一、仲裁条款必须以书面形式表示。

第二、仲裁条款的内容必须符合法律规定。

第三、仲裁条款必须无法定的无效情形。

一、建设工程合同纠纷发生的原因是什么?

(一)承包人没有资质，导致合同无效。在建设工程合同中，经常会出现一些非法转包，违法分包的情况，违反了法律的禁止性规定导致合同无效，以至于当事人的合法利益受到损害。或者签订合同的承包人是挂靠经营，自己根本不具备承包工程的资格。

(二)拖欠工程款。工程款拖欠也是建设工程合同发生纠纷的主要原因之一。实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。

二、建设工程合同纠纷处理方式有哪些?

(1)和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。

(2)调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。

(3)仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。

(4)诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。

在发生建设工程合同纠纷后可以申请仲裁的前提必须是双方在订立合同时就约定了仲裁，并且还要满足发生纠纷的事项在仲裁的范围内，才可以申请仲裁。