建设工程纠纷案件一般是可以约定仲裁管辖的。建设工程施工合同纠纷通常会被划分到不动产专属管辖的范围之内。所以建设工程施工合同纠纷的双方当事人，一般只可以约定让不动产所在地，也就是建设工程所在地的人民法院来管辖该案件。双方当事人是不可以约定其他的人民法院来进行管辖的。

建设工程纠纷案件由谁管辖的

建设工程纠纷案件属于专属管辖，由不动产所在地人民法院管辖。即由建设工程所在地人民法院管辖。《中华人民共和国民事诉讼》第三十三条：下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》第二十八条：民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。