建设工程合同纠纷，当事人之间不能约定管辖。根据我国法律的规定，建设工程施工合同纠纷属于专属管辖的范围，专属管辖优先适用于约定管辖。当事人约定的管辖不能违反专属管辖和级别管辖，否则约定的管辖无效。建设合同纠纷的专属管辖，由建设工程所在地的人民法院管辖。综上建设工程合同纠纷不能约定管辖。

建设工程合同纠纷管辖部门如何确定

第一、基于建设工程施工合同纠纷不再适用专属管辖的规定，建设工程施工合同当事人可在合同订立时约定发生争议时由人民法院管辖或由某一仲裁委员会处理，合同当事人如果选择诉讼作为解决争议方式，还可以进一步约定在合同履行地、合同签订地、标的物所在地、原告住所地、被告住所地人民法院管辖。第二、当事人协议选择管辖法院，不得违反《民事诉讼法》对级别管辖的规定。第三、建设工程施工合同未实际履行而发生纠纷时，法院管辖有特殊规定，合同当事人应予以遵循。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。