为研究的方便起见，对公检法机关指定管辖刑事案件的司法活动，可依据公检法机关管辖刑事案件的分工，分为普通刑事案件或称非职务犯罪案件?的指定管辖和职务犯罪案件的指定管辖。特殊情况下，还包括涉外刑事案件的指定管辖。当然，视不同需要和依据不同标准，还可作其他划分。如依据案件所处诉讼环节和阶段的不同，可分为立案侦查中的指定管辖和审查逮捕、审查起诉中的指定管辖，以及审判中的指定管辖。

司法实践中，普通刑事案件的指定管辖是指根据公检法机关管辖刑事案件的分工，在普通刑事案件立案侦查中遇有管辖范围和权限不明或有争议，或者是有管辖权的公安机关无法或不宜行使管辖权情形的，首先须经由上级公安机关指定管辖。然后，随着诉讼的进程，依次经由上级检察机关和上级人民法院指定管辖。由于普通刑事案件的性质、特点和易于确定案件管辖，较少出现无法或不宜行使管辖权的情形，因而，需要上级机关指定管辖的普通刑事案件数量要少得多，存在的问题也不那么突出。

职务犯罪案件的指定管辖，是指立案侦查或审查逮捕、起诉职务犯罪案件，遇有管辖范围和权限不明或有争议，或者是有管辖权的检察机关无法或不宜行使管辖权情形的，经由上级检察机关指定管辖，然后经由上级人民法院指定管辖。由于反腐败斗争的严峻性和复杂性，决定了职务犯罪案件立案侦查和审查逮捕、起诉，以及审判中的管辖问题复杂和严重得多。一方面，管辖范围和权限不明或有争议的情形客观存在;另一方面，无论是执法办案机关，还是社会公众，往往倾向认为案发当地司法机关对涉及国家高级官员的职务犯罪案件无法或不宜行使管辖权。究其原因，固然有查办职务犯罪案件工作中来自犯罪嫌疑人和其他方面的阻力和干扰的因素，而更为重要的一个因素，则是对司法的不信任——目前情况下，对办案中可能来自犯罪嫌疑人和其他方面的阻力和干扰，近乎普遍地认为足以对司法的公正和效率产生影响。近几年来，随着我国反腐败工作持续、深入地开展和检察机关查办的职务犯罪大要案日渐增多，为了有效排除案发当地的各种阻力和干扰，保证案件诉讼活动顺利进行，指定管辖作为检察机关可以采取的一种法律上的应对措施，得到广泛而大量的应用。具体做法是：对涉及国家官员，特别是高级官员的职务犯罪案件，由上级人民检察院乃至最高人民检察院指定异地检察机关立案侦查或起诉，并协调同级人民法院指定管辖。

总的说来，以刑法、刑事诉讼法的修改为契机，我国的刑事立法和司法日渐成熟起来。但是，若就指定管辖的刑事司法实践而言，存在的问题较多，是不能够令人满意的。

第一，不能正确理解和适用法律条款，甚至恣意突破刑事诉讼法有关案件管辖和指定管辖的规定。如有的地方以成立专门机构、确定专门人员办理未成年人刑事案件，更好地保护未成年被告人的合法权益，确保对未成年被告人均衡量刑的特殊需要为由，对未成年人刑事案件跨地域指定管辖。其所引用的法律依据是刑事诉讼法第二十六条关于指定管辖的规定。显然，这种做法本身也突破了其所依据的法律。根据现有法律规定和法学理论，指定管辖理应针对具体的存在管辖不明或有争议、无法或不宜行使管辖权情形的个案，而不能普遍适用于某一类和尚未发生的案件。

第二，在对有管辖权的机关无法或不宜行使管辖权情形的掌握上，表现出极大的随意性，致使一些本可以正常审理的案件，被不适当地扩大适用指定管辖。这方面的问题，在某些涉及高级官员的职务犯罪案件中表现得尤为明显。如有文章披露：某省检察院指定某市检察院对另一城市中级法院原院长刘某受贿案审查起诉。案件进入审判阶段以后，因为某市中级法院提出不愿审理刘某一案，某高级法院又另行指定一个城市的中级法院管辖。对此案检法指定管辖前后变化的情况进行分析，可以说不仅仅是反映了检法在对案件指定管辖上意见不一致的问题，更重要的是暴露了司法实践中因为法律上缺乏对指定管辖正当理由和评判标准的规定而导致在指定管辖问题上存在一定的随意性和不受约束的倾向。

第三，指定管辖的效力问题。由于指定管辖具有法律授权的性质，因此，指定管辖具有法律的约束力。表现在：就作出指定管辖决定的上级机关而言，非依一定程序不得变更或撤销;就管辖争议双方和案件当事人而言，指定管辖具有同样的约束力。但是，由于有关指定管辖的法律规定不明确和不尽合理，而公检法机关协商指定管辖的意见也并非总能达成一致，因此，实践中公检法机关互不承认相对方指定管辖的效力，甚至拒绝受理相对方指定管辖的案件等情形大量存在。相比较而言，涉及高级官员的职务犯罪案件，因为关系重大和有高层协调，在指定管辖中会消除一些摩擦，但在其他职务犯罪案件指定管辖中，摩擦就难以避免。

第四，公检法机关的指定管辖实践失之规范。实践中，各地公检法机关对管辖争议的提出、不同情形下指定管辖程序的启动、指定管辖决定的下达等，在执行上差异很大。主要表现是：有的认为必须在对犯罪事实查证属实和已立案侦查的情况下，才能启动指定管辖程序;有的认为只要发现有犯罪事实存在，虽未经立案侦查和查证属实，也可以指定管辖。有的案件在指定异地侦查的同时，一并解决了审判管辖的问题;有的案件则是等到侦查终结或提起公诉时，再协调人民法院指定管辖。有的是上级人民法院根据同级人民检察院的意见指定管辖;有的则是下级人民法院提出指定管辖的请求，然后由上级人民法院指定管辖。有的是逐案指定管辖，有的是逐人指定管辖。还有在指定管辖决定采用的形式、指定管辖决定下达的途径和公检法机关之间指定管辖案件的移送方式等方面的做法，都极为混乱。如有的采用决定书的形式，有的采用批复、公函、通知等其他形式;有的是上级机关将指定管辖决定直接下达给案件承办机关，有的则是逐级和分次下达。

一、指定执行管辖依据的依据

有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。据此规定，在下列两种情况下适用指定管辖。

（一）有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权；法律上的原因，如受诉法院的审判人员，因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。出现上述情况之一的，应由上级人民法院在其辖区内，指定其他适宜的人民法院管辖。

（二）因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议。