合同纠纷赔偿款是属于民事法律行为，公证机构是可以公证的，但需要申请人提供必要合法的材料。

《中华人民共和国公证法》

第十一条根据自然人、法人或者其他组织的申请，公证机构办理下列公证事项：

(一)合同；

(二)继承；

(三)委托、声明、赠与、遗嘱；

(四)财产分割；

(五)招标投标、拍卖；

(六)婚姻状况、亲属关系、收养关系；

(七)出生、生存、死亡、身份、经历、学历、学位、职务、职称、有无违法犯罪记录；

(八)公司章程；

(九)保全证据；

(十)文书上的签名、印鉴、日期，文书的副本、影印本与原本相符；

(十一)自然人、法人或者其他组织自愿申请办理的其他公证事项。

法律、行政法规规定应当公证的事项，有关自然人、法人或者其他组织应当向公证机构申请办理公证。

第二十七条申请办理公证的当事人应当向公证机构如实说明申请公证的事项的有关情况，提供真实、合法、充分的证明材料；提供的证明材料不充分的，公证机构可以要求补充。

公证机构受理公证申请后，应当告知当事人申请公证事项的法律意义和可能产生的法律后果，并将告知内容记录存档。

一、公证效力体现在哪些方面

1、法定证据效力

我国《民事诉讼法》第六十七条明确规定：“经过法定程序公证证明的法律行为、法律事实和文书，人民法院应当作为认定事实的根据”。

2、强制执行效力

是指对公证机构赋予强制执行效力的债权文书，如债务人不履行，债权人可持公证书直接向有管辖权的人民法院申请执行，而不再经过诉讼程序。对公证的这一效力，我国《民事诉讼法》第二百一十八条作了明确规定。

3、法律行为成立要件

当有关法律、行政法规、规章规定某些法律行为必须采用公证形式设立、变更或终止时，公证即成为相应的法律行为设立、变更、终止的必备要件。另外，如果按照国际惯例或当事人之间的约定，某些法律行为设立、变更或终止必须办理公证，则公证也成为其成立的要件。