分居两年民政局不能自动办理离婚。分居2年是法定离婚的条件之一，没有自动离婚的规定。夫妻提出离婚的法律原因之一是因感情不和而分居两年以上。这是指夫妻因分居而提出的法定离婚理由。这一法定离婚理由由两个必要因素组成，缺一不形成法定离婚理由。两个必要条件是：

1、感情不和；

2、分居两年。

夫妻通常分居两年，但这不仅仅是一个条件。只要夫妻关系破裂，就应该判决离婚。

分居两年怎么办理离婚证

分居两年离婚手续的办理：一是协议离婚，当夫妻双方都愿意解除婚姻关系，并对夫妻财产分割，子女抚养等方面都方面都达成一致协议时，可采取协议离婚方式，向民政局申请离婚登记。二是诉讼离婚，如果夫妻双方存在一方不愿离婚，或就财产分割、子女抚养等问题没能达成一致的意见，则必须要通过诉讼程序进行离婚。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。