会。母公司在子公司拥有的股份属于母公司的财产，需要进行破产清算该股份，该股份清算后，会影响子公司的注册资本。如果母子公司之间有担保关系、借贷关系等，也会有相应的影响。

一、子公司清算母公司怎样处理

子公司进行清算的，母公司在其认缴的出资额或认购的股份为限对子公司承担责任。

子公司与母公司是两个完全独立的民事主体，子公司具有独立法人资格，可以独立承担民事责任；

所以子公司进行清算的，母公司不需要对其债务承担偿还责任，所有民事责任都由子公司自己承担。

二、子公司与母公司有什么关系

(1)子公司受母公司的实际控制母公司对子公司的重大事项拥有实际决定权，能够决定子公司董事会的组成，可以直接行使权力任命董事会董事。(2)母公司与子公司之间的关系基于股份的占有或控制协议而产生一般说来，拥有股份多的股东对公司事务具有更大的决定权。因此，一个公司如果拥有了另一个公司50%以上的股份，就能够对该公司实行实际控制。在实践中，大多数公司的股份较为分散，因此，只要拥有一定比例以上的股份就能取得控制地位。除控制股份之外，通过订立某些特殊的契约或协议，也可以使某一个公司控制另一个公司。(3)母公司、子公司各为独立的法人子公司虽然处于受母公司实际控制的地位，在许多方面受到母公司的制约和管理，有的甚至实际上类似于母公司的分支机构，但在法律上，子公司属于独立的法人，以自己的名义从事经营活动，独立承担民事责任。子公司有自己的公司章程，有董事会等公司经营决策机构。子公司有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产属于子公司，有自己的资产负债表。

三、母公司破产子公司怎样处理

一母公司破产可能导致子公司解散清算。因为母公司占有子公司的多数甚至全部股份，母公司可通过召开子公司的股东会或者股东大会，依照法定程序解散子公司，对子公司的财产和债权债务关系进行清理、处分和分配，以了结其债权债务关系，消灭子公司法人资格，收回子公司的剩余财产用以破产清算。二母公司的破产并不必然导致子公司归于消灭。母公司可将其对子公司拥有的股份在评估基础上进行转让，转让所得纳入破产财产，但子公司的法人资格仍然保留，子公司的股权结构发生变动。