首先，我们需要了解哪些情况下公司可以扣除员工工资：让我们来看看公司可以扣除工资的情况：

1、公司按照相关法律规定可以代为扣缴劳动者的个人所得税；

2、公司代为扣缴和支付劳动者个人社会保险费；

3、法院判决、裁定要求扣缴劳动者的子女或者父母的抚养费、赡养费；

4、法律、规定的可以从员工的工资中扣除的其他费用。

5、劳工因个人原因给公司造成经济损失。根据劳动合同的相关规定，用人单位会在劳动者的工资当中扣除经济损失的一部分，但是扣除的工资也有限额，不能一次性扣除太多，根据相关规定，扣除的费用不得超过月薪的20％，扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

以上规定当中并不包含孕妇产检的事情，怀孕女工在工作时间进行产前检查，所需时间应当按工时计算，不能扣除工资。

当女性员工不去上班时，公司扣除工资，该怎么办？

1、女性员工与公司协商，要求公司退还扣除的工资；

2、未达成一致，且公司没有任何正当理由扣除工资的，女性员工可以到劳动监察部门提出投诉。

3、公司有一个工会组织，可以要求工会协助谈判、申请仲裁或起诉公司。

如果怀孕的女性员工进行产检，公司要扣留工资，必须勇敢地捍卫自己的合法权益。首先，女性员工可以与公司协商。如果协商失败，公司拒绝支付工资的，可以向劳动监察部门投诉。