起诉政府的职能部门是在政府部门所在地基层人民法院。如果是起诉县级政府，则要去县级政府所在市中级人民法院。

法律依据：《行政诉讼法》第十四条基层人民法院管辖第一审行政案件。

第十五条中级人民法院管辖下列第一审行政案件：

(一)对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件；

(二)海关处理的案件；

(三)本辖区内重大、复杂的案件。

(四)其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。

一、指定管辖

指定管辖，是指上级人民法院以裁定方式，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。指定管辖的实质，是法律赋予上级人民法院在特殊情况下有权变更和确定案件管辖法院，以适应审判实践的需要，保证案件及时正确地裁判。

《民诉法》第37条规定：“有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。

人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖”。

依据上述规定，指定管辖的要件包括：

(1)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。

所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权；法律上的原因，如受诉法院的审判人员，因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。出现上述情况之一的，应由上级人民法院在其辖区内，指定其他适宜的人民法院管辖。

(2)因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议。

所谓争议，包括相互推诿或者相互争夺。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。根据《意见》的规定，发生管辖权争议的两个人民法院因协商不成报请它们的共同上级人民法院指定管辖时，如双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖；同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院，由该省、自治区、直辖市的高级人民法院及时指定管辖；如双方为跨省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。报请上级人民法院指定管辖时，应当逐级进行。上级人民法院依照《民事诉讼法》第37条的规定指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定的人民法院。报送的人民法院接到通知后，应及时告知当事人。

(3)受移送的同级人民法院发现移送错误时，应当报请上级人民法院裁定指定管辖。

(4)上级人民作出指定管辖期间，审理中止。

如果受诉法院在此期间作出判决、裁定的，上级人民法院在作出指定管辖裁定时应一并撤销。