1、两种法律文书的性质作用不同。检察建议书是针对社会治安和综合管理问题，向有关单位提出建议所制作和使用的检察工作文书。就其性质来说，它是检察机关参加社会治安综合治理的手段和形式之一，是检察机关在行使各项检察职能的过程中，与人民群众密切配合，预防和减少犯罪，维护社会治安的重要形式;而检察意见书则是检察机关在办案中认为应对被不起诉人给予行政处罚、行政处分或者没收其违法所得，而向有关主管部门提出检察意见所制作和使用的检察法律文书，它是检察机关使被不起诉人受到行政制裁，吸取教训的重要方式。

2、两种法律文书的制作依据不同。建议书和检察意见书的制作和使用，有着各自的法律依据和内部规定。

3、两种法律文书的适用范围不同。根据有关规定，建议书主要适用于规定等的九个方面：意见书主要适用于对被不起诉人须由主管部门给予行政处罚、行政处分或者没收其违法所得的，以及民事检察工作中对有错误但尚不需要提请抗诉的案件等两个方面

4、两种法律文书的格式和内容不同。

一、检察院存疑不起诉后还能继续侦查吗

检察院存疑不起诉后还能继续侦查，侦查机关需要继续侦查该案件。

检察机关行驶国家检察权的重要形式，具有相当的社会影响，为防止检察机关对此权利的滥用，必须对此进行监督。在刑事诉讼法律规范中对人民检察院的不起诉决定的监督方式主要有被害人和被不起诉人的监督、侦查机关的监督、上级检察机关监督、和本级检察机关自行监督。

具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。