在特殊情况下，即使租户协议的条款被非法修改，只要满足特定的法定义务和条件，其仍然是合法有效的。

根据相关法律规定，当事人只要进行充分的协商并达成一致，他们便有权对已经签署的合同进行修改。

然而，只有当合同中的条款并不违反任何现行法律或行政法规的强制性规定，同时保证签约双方都具备相应的民事行为能力并且彼此之间的意思表达均为真实时，合同的变更才能被认为是合法有效的。

此外，在适用的法律框架之内，还可能存在其他法定的变动因素。

《民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。