与一般行政执法的调查、取证相比，反垄断执法机构的调查权有以下两点明显的不同：

1.在程序中的职权位置受到高度重视

根据《反垄断法》第四十五条的规定，在反垄断执法机构调查涉嫌垄断行为的过程中，被调查的经营者作出特定承诺时，反垄断执法机构可以作出中止调查的决定。经营者履行承诺的，反垄断执法机构可以作出终止调查的决定;经营者不履行承诺的，反垄断执法机构应当恢复调查。显然，在反垄断执法中，调查涉嫌垄断行为的职权是被作为独立的调查权对待的。

在一般行政执法中，调查与取证紧密相连，调查的目的在于取证，取证情况反映调查成果。调查与取证密不可分，贯穿执法过程，体现执法工作的内容，往往直到行政处罚决定作出才形成完整的一项行政执法决定。在《反垄断法》中，实施调查、中止调查、终止调查、恢复调查均可成为独立的行政执法决定，发挥其独特的作用。

2.在实体上能够独立发挥防止垄断行为的作用

垄断行为排斥、限制市场竞争，妨碍市场机制正常发挥作用。这种行为涉及内容广泛、复杂，同时又因经济形势、市场情况的变化而不断变化。如果反垄断执法机构对所发现的涉嫌垄断行为有案必查、一查到底，在理论上完全符合法治的精神和原则，但在实际中却很难行得通。尤其是在查处某些垄断协议行为和滥用市场支配地位行为时，取证困难是显而易见的。

与其耗费大量的时间、人力、物力，最后通过制裁来消除违法后果，不如建立一种机制，让涉嫌违法的经营者自觉地纠正自己的行为。有条件地停止或结束调查，就是各国反垄断法基于这种考虑建立的一项机制。据统计，大多数国家的反垄断执法机构每年接到的相关举报和受理的涉嫌垄断案件的数量很多，但只有不到十分之一的案件调查终结并最后定案予以处罚。绝大多数案件在调查过程中因涉嫌垄断的行为人承诺改正并自动消除违法行为的影响和后果而终止程序，同样取得了反垄断法律制度设计的理想结果。