老板规定迟到一分钟扣5块钱一般是不违法的。用人单位有权制订劳动规章制度，若制度的程序是不合法的，劳动者可以向劳动行政部门进行举报，维护自己的合法权益。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第四条

用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。

用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。

在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。

用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。公司制度规定旷工扣三倍工资合法。公司制度可以做出这样的规定。但是扣除后当月劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若是公司制度规定旷工一天扣除半个月工资，是违法的。法律依据:《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《劳动合同法》第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

日常生活中我们会面临很多法律问题，所以应该了解一些法律方面的知识，以免在遇到法律问题时无法维护自己的合法权益。相信上面文章的内容已经对老板规定迟到一分钟扣5块钱违法吗的问题作出了解答，如果您还有其他相关疑问的话，可以查看本站的其他普法内容，或者也可以咨询律师为您解答。