一、行政案件的鉴定意见由谁负责

1、公安机关办理行政案件需要进行鉴定的，鉴定人对鉴定意见负责，不受任何机关、团体、企业、事业单位和个人的干涉。多人参加鉴定，对鉴定意见有不同意见的，应当注明。

2、法律依据：《公安机关办理行政案件程序规定》第一百零六条

二、鉴定人不同鉴定意见的处理规则

鉴定人进行鉴定后，应当出具鉴定结论、检验报告，并且签名或者盖章。几个鉴定人意见有分歧的，应当在鉴定结论上写明分歧的内容和理由，并且分别签名或者盖章。司法鉴定机构对复杂、疑难的技术问题或者对鉴定结论有重大分歧意见时，应当由司法鉴定机构主管业务负责人主持会鉴、或者在听取有关专家意见后再作出结论，不同意见应当如实记录在案。

我国对鉴定人不同结论的处理规则有三种：

1、按鉴定人个人负责制的规则处理;

2、用表决制的方式处理不同鉴定意见;

3、采用记录在案、以保留意见的方式处理鉴定分歧。