1、签订公司停薪留职协议的注意事项是：停薪留职的时间、其间的工龄计算、是否继续享受劳保福利待遇、停薪留职人员是否应定期向原单位缴纳社会保险费等。停薪留职合同是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同。

2、法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

一、员工停薪留职协议是否有法律效力

劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利义务关系的协议。劳动合同的主要作用一方面在于确立劳动关系，另一方面在于明确权利义务。实际工作中的停薪留职协议则是用人单位和职工在劳动关系存续期间遇到困难，职工愿意离岗自谋职业但同时请求保留离岗期间的劳动关系的情况下，由用人单位和劳动者在平等自愿、协商一致的前提下，就保留劳动关系事项所作的约定。在劳动法颁布后全面签订劳动合同的情况下，停薪留职协议可以看作是对劳动合同中所确立劳动关系的强调，同时也是企业和劳动者双方互相豁免对方劳动义务的意思表示。从这个意义上讲，停薪留职是劳动合同的附件，是附随于劳动合同的一种民事契约，它以劳动合同的存在为前提。

停薪留职协议的有效期间应当以劳动合同约定期间为限，不应超过劳动合同的约定期间。

如果停薪留职协议的有效期间超出劳动合同的约定期间，由于在超过期间内双方既没有劳动合同，也没有形成事实上的劳动关系，因此对超过期间的劳动关系应不予认定。超过期间内双方停薪留职协议所约定的权利义务内容，因失去了劳动关系定一基本前提，应视为无效。