(一)两者设立的出发点上，存在很大的不同

无因性理论实现对市场交易秩序的保护主要是通过债权行为与物权行为的分离，其要解决的主要问题是“物权行为是否需要一个原因性的目的规定(内容无因性问题)，以及物权行为之效力是否取决于义务负担行为之效力，也就是说，即便不存在第三人，无因性理论仍有其存在的价值和意义。就仅存在的双方当事人，也可以凭借无因性理论理顺交易和产权关系。由此我们可以得出，虽然无因性理论在价值理念上强调了对第三人产权的保护，侧重维护交易的动态安全，在客观上稳定了市场交易秩序，但其本意，并不是要以解决原物所有人、出让人和第三人产权关系为首要出发点的。其更深远的目的还是在于丰富法律行为概念的内涵，明确交易中的多重法律关系，促进民法的体系化与科学化。

而善意取得制度从设计之始，就是以关注第三人财产安全、促进流通，保障市场交易秩序为目的和出发点的，“该制度从设计上就是以三方当事人为模型的，也即原所有人、作出无权处分的受让人和信赖受让人为有权处分人并与之为交易行为的善意第三人。善意取得的适用使得善意第三人仅依自己对公示的信赖，便能获得公信力的保护，得以对抗原所有权人的追及，确定的取得标的物所有权。”也就是说，善意取得制度的关注点，更多在于理顺三人或多人条件下的产权关系，而对于二人关系和除产权关系以外的其他法律关系，善意取得制度并不关心也没有其存在的意义，这就与无因性理论的出发和着眼点有很大的不同。

(二)两者运行的机制上，存在较大的差异

无因性理论和善意取得制度，在保护第三人产权关系的运行机制上，也存在很大的不同，举例分析之：假使存在原物所有权人A，出让人B与第三人C这三方当事人，在这三者的法律关系中，A出让其所有物给B，B再转手将物让与C。如果A与B的合同存在瑕疵归于无效或者A的意思表示不真实事后行使撤销权导致合同无效。

在采取物权形式主义的国家，根据无因性理论，A与B之间的交易存在三个合同，即一个A出卖物于B的债权合同和两个A转移物于B与B支付对价于A的物权合同。这三个合同，也即一个债权行为附加两个物权行为。债权合同虽然无效或者嗣后被撤销，但并不导致两个物权行为的无效和消灭。因为债权合同只是之后两个物权合同原因，物权合同才是导致物权变动的和直接原因。也因此，尽管A与B之间的债权合同无效，但物权仍发生流转，所有权已经成功转移到B，再通过B转移到C。A不得对C主张原物返还的请求权，而只能基于其与B签订的债权合同无效而主张B返还不当得利。如果本案件只存在两个当事人A和B，结果也是一样的，A只能向B主张不当得利的返还请求权，而B为物的所有权人。

(三)两者的适用范围上，存在明显的界限

无因性理论的适用范围，主要是合同基于一定的瑕疵不成立或者宣告无效，或者当事人意思表示存在缺陷所导致的合同被撤销的情形。在此种情况下，根据无因性理论能够很好地解决当事人之间的产权纠纷，理顺当事人之间的法律关系。而对与无权处分的情形，无因性理论则适用有限。