经济补偿金协议起诉还是仲裁，都是可以的。经济补偿金属于《劳动合同法》所规定的内容，针对劳动合同产生的纠纷应当遵循劳动仲裁前置，先向劳动仲裁机构申请仲裁，对仲裁的裁决不服的便可以向法院提起诉讼。

劳动合同的解除分为法定解除和约定解除两种。解除劳动合同引起的法律后果与终止劳动合同引起的法律后果大致相同。

法定解除是指在劳动合同的履行过程中，出现劳动法律法规规定的情况时，当事人一方或者双方解除劳动合同的行为。在法定解除的情况下，一方当事人可以不与另一方当事人协商，也无须征得另一方的同意，就可依据劳动法律法规规定的条件和程序解除合同。

约定解除是指在劳动合同的履行过程中，当事人一方或者双方认为继续履行合同已经没有必要时，与另一方协商取得一致意见后，解除劳动合同的行为。与法定解除不同的是，约定解除不能由一方自主决定，而必须是双方的行为，其解除的条件不一定是法律法规规定情形的出现，只要当事人双方在真实意思表示的基础上协商一致就可以了。

一、劳动合同解除的注意事项是什么？

劳动者医疗期满后仍然不能从事原来的工作，用人单位解除劳动合同的举证责任。

这里需要注意的是，医疗期满后，劳动者不能从事原来的工作的，用人单位仍不能解除劳动合同，只有用人单位为劳动者另行安排工作，劳动者仍然不能胜任的，用人单位才可以解除劳动合同。

请长病假的职工在医疗期满后，能从事原工作的，可以继续履行劳动合同；医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由单位另行安排的工作的，由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力鉴定。被鉴定为一至四级的，应当退出劳动岗位，解除劳动关系，办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇；被鉴定为五至十级的，用人单位可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿金和医疗补助费。这就意味着，医疗期届满后，企业需要证明劳动者不能从事原来到工作，需要经过劳动能力鉴定这道程序。