1、有效的。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

2、当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

3、时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

4、法律规定：《民法典》

第五百四十三条【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。

一、房屋补充协议主要需要包含的内容有哪些

1、对目前所租赁的房子的基本概况的介绍。

2、签订协议双方的要对房子有相同的所有权和使用权。

3、如果是让其他人帮忙租房的，帮忙的人应该有委托那个人写的委托书。

4、补充协议里也要对所租房子的基本情况进行详细的叙述，比如说房子里面有哪些家用电器，房子的使用面积，以及房子墙壁和地面的质量等等一系列相关的介绍。

5、还要规定租赁的那一方需要按时缴纳房租，如果不按时缴纳就要有相应的应对措施。

6、合同上还要写清楚房子租金的缴纳方式和缴纳租金的具体金额是多少。

7、还要规定和在租赁房子的这段时间所产生的，水费、电费、燃气费、网费、有线电视费、暖气费、物业费等等一系列除了房租之外的费用应该让谁来进行缴纳。

8、如果在租赁房子的期间，房子因一定缘故需要进行维修，那么维修费用应该让谁来进行承担，如果房子里面的家电出现故障，应该是谁负责进行维修或者更换等等。

9、如果在房子租赁期间，房主想要收回房子需要提前多久进行通知，并且应该怎样对租赁人进行相关的赔偿。

10、还要规定好如果房子在租赁期间，需要遭到政府的强制拆迁，那么对于租赁人应该提供怎么样的赔偿。

11、在签订的协议中还要写清楚，房子的押金应缴纳多少该怎么缴纳，当房子租期满了以后，需要用多久才能够把押金进行返还，如果不按时返还需要接受怎么样的赔偿。签订租房补充协议一定要认真仔细因为期中涉及到很多的个人利益。