1、非诉行政执行案件是否收费规定不明。根据《诉讼费用交纳办法》第十条的规定，非诉行政执行案件不在诉讼费缴纳范围之列；而根据最高人民法院原《人民法院诉讼收费办法》第三条的规定，申请非诉行政执行的，应缴纳申请费和实际发生的执行费用。新收费办法规定的缺失，使得此类案件诉讼费无法收取，导致诉讼费用流失。

2、对具体行政行为进行司法审查难以收费。法院受理非诉行政执行案件后，须对具体行政行为进行审查

3、当事人执行和解后收费无法落实。法院对非诉行政案件进行执行的，需对被执行人进行大量说服教育工作，教育其主动履行，多数被执行人往往因此主动与行政机关和解结案。案件实现先执行后收费，由于当事人直接将相关费用交付给行政机关，导致此种情形下法院执行费用无法落实。