补充合同金额超过主合同的，首先应当根据合同当事人的真实意思确认合同金额。一般来说补充协议是对主合同的补充或者变更，如果原合同没有明确约定不得变更，当事人在补充协议中约定了与主合同相冲突的条款，应当以补充条款为准，所以补充合同金额超过主合同的，一般以补充合同为准。

一、合同生效后双方能否再进行补充

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体；二是说明拟定补充协议的原因；三是协议补充的内容或变更的内容。

二、公司改协议怎么改

修改合同有两种方式：第一，解除原合同重新订立新的合同，第二，签署补充协议。在修改合同时需要注意以下几个方面的内容：需要合同双方当事人签署。需要双方当事人之间就修改事项协商一致。如果是重新签署合同，原合同内容不变，只是将需要修改的条款改正后，直接引用到新合同中就可以了。如果是签署补充协议，需要在补充协议中明确主合同的内容，或者将主合同作为附件的形式。双方签字确认，并填写日期。

三、合同附加条款与正式条款有冲突

以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。