2003年10月13日，国务院出台《国务院关于改革现行出口退税机制的决定》。对我国的现行的出口退税机制进行了大幅度的改革。这次改革的基本原则是：新账不欠，老账要还，完善机制，共同负担，推动改革，促进发展。改革的主要内容包括：

(一)对出口退税率进行结构性调整，适当降低出口退税率。本着适度、稳妥、可行的原则，区别不同产品调整退税率：对国家鼓励出口的产品退税率不降或少降，对一般性出口产品退税率适当降低，对国家限制出口的产品和一些资源性产品多降或取消退税。调整后的出口退税率为17%、13%、11%、8%、5%五档，自2004年1月1日起实行。按现行出口结构，出口退税率的平均水平将降低3个百分点左右。

(二)加大中央财政对出口退税的支持力度。从2003年起，中央进口环节增值税和消费税收入增量首先用于出口退税。

(三)建立中央和地方财政共同负担出口退税的新机制。具体办法是：从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，对超基数部分的应退税额，由中央与地方按75:25的比例分别负担。

(四)结合出口退税机制改革推进外贸体制改革。主要是通过完善法律保障机制等，加快推进生产企业自营出口和外贸出口代理制，降低出口成本，进一步提升我国商品的国际竞争力。同时，结合出口退税率的调整，进一步优化出口产品结构，提高出口整体效益。

(五)累计欠退税由中央财政负担。对截至2003年年底累计欠企业的出口退税款和按增值税分享体制影响地方的财政收入，全部由中央财政负担。其中，对欠企业的出口退税款，中央财政从2004年起开始采取全额贴息等办法予以解决。

出口退税政政策，是为了使本国商品不含或少含税负进入他国市场，避免他国消费者承担本国的税负，并使本国的商品公平地参与竞争的一项重大政策。自1985年以来，我国就一直实行出口退税政策，对我国外贸出口的增长、市场经济的繁荣发挥了积极地作用。但近几年来，中央拖欠出口创汇企业的应退税额已高达数千亿元，形成了中央政府相当大的隐性财政赤字。同时，出口退税款的长期拖欠已形成系统性风险隐患。首先是加大了企业经营风险，使企业资金短缺，负债增加。同时也加大金融风险，使外贸企业与上游企业形成三角债务，增加银行的不良贷款。进而威胁了经济的持续增长和社会的稳定。而以往的出口退税政策存在着许多不合理之处，主要表现在：出口退税结构不合理，不适应产业结构调整优化的要求;出口退税数额超出了中央财政承受能力;出口退税的负担机制不够科学，不利于出口贸易的科学、规范管理。由于企业增值税收入由中央和地方分享，而企业出口退税由中央财政全额负担，势必导致出口增长越快，中央财政负担越重，难免产生欠退税问题。

此次，国务院对以往的出口退税体制进行大幅度的改革正是对这些不合理的体制的矫正。