一、公司撤销部门员工离职补偿

公司撤销部门，如果劳动者自行离职的，不需要支付经济补偿。如果用人单位解除劳动合同的，劳动者工作满一年，支付一个月工资作为补偿。《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条【经济补偿的计算】经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；

不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

二、员工正常离职的程序如何走

1、员工应于辞职前至少1个月向其主管及总经理提出辞职请求；

2、员工主管与辞职员工积极沟通，对绩效良好的员工努力挽留，探讨改善其工作环境、条件和待遇的可能性；

3、辞职员工填写辞职申请表，经各级领导签署意见审批；

4、员工辞职申请获准，则办理离职移交手续。

公司应安排其他人员接替其工作和职责；

5、在所有必须的离职手续办妥后，到财务部领取工资；

6、公司可出具辞职人员在公司的工作履历和绩效证明。

通过上述分析知道，依据《劳动合同法》的规定，用人单位撤销部门，如果劳动者主动离职的，不支付经济补偿。