长期分居不认定婚姻无效。分居在两年以上的，法律上一般会认定夫妻感情确已破裂，可以判决离婚。但是，分居多年并不一定导致婚姻关系解除，当事人必须到法院起诉或者双方到民政局协议离婚，婚姻关系才能解除。在法律上是判定婚姻关系解除，而不是判定婚姻无效。

民法典中民政局可否确认婚姻无效

民政局无权确认婚姻无效，确认婚姻无效应向人民法院提出申请。

《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）》第十七条当事人以民法典第一千零五十一条规定的三种无效婚姻以外的情形请求确认婚姻无效的，人民法院应当判决驳回当事人的诉讼请求。

当事人以结婚登记程序存在瑕疵为由提起民事诉讼，主张撤销结婚登记的，告知其可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条有下列情形之一的，婚姻无效：

（一）重婚；

（二）有禁止结婚的亲属关系；

（三）未到法定婚龄。

《中华人民共和国民法典》第一千零五十一条有下列情形之一的，婚姻无效：（一）重婚；（二）有禁止结婚的亲属关系；（三）未到法定婚龄。