1.被申请人在2009年2月17日发给申请人的《关于终止劳动合同通知书》名为终止劳动合同实为违法解除劳动合同。

2008年12月31劳动合同到期前，被申请人怠于行使终止劳动合同权，之后申请人正常上班。申请人提交的证据4和证据2中的落款日期，也能够证明2009年1月双方劳动关系并未终止。根据《北京市劳动合同规定》第四十五条规定，劳动合同期限届满，因用人单位的原因未办理终止劳动合同手续，劳动者与用人单位仍存在劳动关系的，视为续延劳动合同。据此，被申请人在2009年2月17日发出的《关于终止劳动合同通知书》名为终止劳动合同实则为违法解除劳动合同。依照《劳动合同法》87条的规定，用人单位违法解除劳动合同的应当支付双倍经济补偿。申请人是2005年5月入职，解除劳动合同经济补偿金计算年限应当为(4.5月×2个)9个月，按照离职前月平均工资8，458元计算，申请人应当获得经济补偿金76，122元。减去被申请人已支付的终止合同补偿金8，458元，被申请人仍应支付67，664元。

2.被申请人应支付六个月工资的医疗补助费50，748元，及该医疗补助费25%经济补偿金12，687元。

申请人所患病(见证据5)不属于一般病症，根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第六条规定，劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。而被申请人为了逃避支付医疗补助费的义务，擅自违法解除劳动合同，进而逃避为申请人做劳动能力鉴定的义务，导致了申请人不能依法获得解除劳动合同医疗补助费，减少了申请人的收入。根据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》第二条第四款规定，用人单位违反规定解除劳动合同的，对劳动者造成损害的，应赔偿劳动者损失。因此，申请人有权主张被申请人赔偿医疗补助费，并主张申请人支付该医疗补助费25%经济补偿金。

3.被申请人应支付被以缴税名义扣发的工资5，349元，及该工资25%经济补偿金1，337.25元。

解除劳动合同后，被申请人支付了相关补助共计44，947元(可以从证据3看出)，却以缴税名义截留了5，349元。根据财政部和国家税务总局《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》明确规定：个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。北京市2008年职工平均工资为44715元，三倍为134，145元。被申请人得到的相关补助并没有超出该范围，因此不应当扣税。

4.被申请人应支付2009年1月至2月17日工资15，071元，及该工资25%经济补偿金3，767.75元。

《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》第二条第四款规定，用人单位违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同的，对劳动者造成损害的，应赔偿劳动者损失。被申请人违法解除劳动合同，造成申请人2009年1月和2009年2月都没有工资收入，应当赔偿申请人应得工资，并加付应得工资收入25%的赔偿费用。