农业土地使用权作价入股的登记流程是：

1、注册资本中以土地使用权出资的，公司章程应当就土地使用权出资事宜做出规定。

2、其次，委托具有相关资质的评估公司评估土地使用权的价值。评估之后，才有可能确定自己的股份大小。

3、接着，要将土地使用权过户登记于公司的名下。

4、而且要注意非货币财产的比例问题。

一、公司法关于股东出资的规定

公司法关于股东出资的规定是：1、股东可以用货币出资；2、股东可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可依法转让的非货币财产出资；3、不能使用法定的不得出资的财产出资。《中华人民共和国公司法》第二十七条规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。

二、股东设立公司可以用什么出资

股东设立公司可以用以下方式出资：

（1）可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；

（2）法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。

股东出资瑕疵包括：

1、未足额出资。公司成立时，股东首次出资额不得低于注册资本的20%，二年内按照公司章程或是股东会、董事会的决议股东将剩余的注册资本缴足。实践当中存在着首次出资额就不足20%，或没有缴纳剩余的80%，这就构成股东未足额出资；

2、公司章程规定股东以货币之外的实物出资，尤其是土地房屋或其它办理产权过户的实物，股东没办理过户手续或没有交付实物；

3、约定是以货币出资，但股东要求以实物出资；

4、约定是以特定物出资如土地使用权、房产等，但股东要求替代出资；

5、作为出资的实物或其他非货币财产的价格明显不足。

三、有限责任公司的股东能以房屋使用权作价出资

有限责任公司的股东可以房屋使用权作价出资。但需要注意的是，在以土地使用权、房屋作价出资时，应委托具备相关资质的评估机构对相关房地产进行评估，以确定其价值，并要实际交付于被投资公司占有使用，也要办理权属变更于被投资公司名下。