夫妻分居两年后并不会自动离婚。我国法律规定的离婚方式有协议离婚和诉讼离婚。协议离婚需要当事人之间协商一致，签订离婚协议书并进行登记；诉讼离婚中，如果夫妻是因为感情不和分居两年，能确定夫妻感情破裂的，可以向法院起诉，法院经审理判断夫妻感情确已破裂的可以判决准予离婚。

夫妻分居两年自动离婚孩子怎么办

首先，不存在夫妻分居两年，自动离婚的情形。

其次，关于孩子的抚养权分配问题，根据《民法典》第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

哺乳期内的子女由母亲抚养为原则。哺乳期后的子女由谁抚养的问题。首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。

如果子女是已满10周岁的未成年人，父母双方对于子女随父或随母生活发生争执时，应考虑该子女的意见。如果一方有严重疾病或对孩子健康成长不利的，抚养权原则上由另一方获取。

《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。