特殊病种住院的报销规定如下：1、患有特殊病种的参保人员可以凭二级以上定点医院开具的《门诊特殊病种申请表》、出院记录、门诊病历和相关的检查报告化验单到社保中心经办窗口予以申请，申请批准以后产生的相关费用可以按照政策予以报销。2、城镇居民医保门诊特殊病种的起付标准为500元。

《社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。