分居两年后不能自动离婚。夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，亲自向婚姻登记机关申请离婚登记。夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

根据2021年实施的《中华人民共和国民法典》夫妻自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思，并就子女抚养、财产和债务处理达成协议。

婚姻登记机关发现双方确实自愿离婚，已就子女抚养、财产、债务处理等事项达成协议的，应当登记并发给离婚证。

一、离婚协议书签字是否生效

双方签署离婚协议后不会立即生效。离婚协议在双方办理离婚登记手续后生效。

根据2021年实施的《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思，并就子女抚养、财产和债务处理达成协议。

第一千零七十八条规定，婚姻登记机关发现双方确实自愿离婚，已就子女抚养、财产、债务处理等事项达成协议的，应当登记并发给离婚证。

二、人在监狱应当如何办理离婚

1、人在监狱想办理离婚的，可以选择协议离婚或者提起离婚诉讼。夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》

第一千零七十六条，

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

第一千零七十八条，婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。

第一千零七十九条，

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。