若母公司应按规定缴纳土地增值税时，母公司按土地的成本价投资子公司，可被认定为未按独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，税务机关可合理调整应纳税额。若子公司不是从事房地产开发，母公司转让土地使用权可免征土地增值税;若子公司从事房地产开发，母公司应按《土地增值税暂行条例》以及相关规定：“(一)对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。(二)对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。”等相关规定计算缴纳土地增值税。

《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)

第一条，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税、对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。

《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号

第五条，对于以土地(房地产)作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定。

《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》(国税函发[1995]110号)

第七条：(一)对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。(二)对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。