应该缴纳增值税。以土地使用权作价出资入股，该土地使用权权属发生转移，且投资企业获得被投资企业的股权，是有偿转让土地使用权的行为，应根据《财税36号文附件1》第十条有偿销售不动产、无形资产的规定征收增值税。且在《税总纳便函71号文》中介绍征税范围明确指出“还有一些可能原来不交营业税的，现在新的注释范围内也有所涵盖”。原来的营业税平移政策，只有在与新政策不冲突时方能适用，而以土地使用权作价出资入股的行为，根据《财税36号文》的有关内容应视为销售土地使用权，投资企业应缴纳增值税。

一、土地使用权证有什么用

土地使用证的作用主要是为了保障产权安全：通过土地登记对购房人土地合法权益进行保障，经登记的住房用地，如果登记错了，购房人的土地合法权益受到损害，登记机关负赔偿责任；如果没登记，购房人就不能对抗恶意第三人，购房人的土地合法权益就得不到保障。保障交易安全：通过查询住房用地登记资料，可以判定所要购买的房屋土地是否合法，是否有合法的产权，以此保证房屋交易的安全。

按规定，所有在本市行政辖区内取得商品房、已购公有住房和经济适用住房的人除办理房产证外，还必须办理土地使用证。拥有了土地使用权证以后，就能够保证该片土地享有国家法律保护，不受非法行为侵害。有了土地使用证，这片土地或房屋您就可以依法享受到国家赋予您的权利，拥有绝对使用权。土地使用证的拥有者可以对该土地进行生产建设，在依照法律的前提下修剪房屋或商业区。

二、土地使用权的相关概念

土地使用权是指国家机关、企事业单位、农民集体和公民个人，以及三资企业，凡具备法定条件者，依照法定程序或依约定对国有土地或农民集体土地所享有的占有、利用、收益和有限处分的权利。

土地使用权是外延比较大的概念，这里的土地包括农用地、建设用地、未利用地的使用权。

国有土地使用权是指国有土地的使用人依法利用土地并取得收益的权利。国有土地使用权的取得方式有划拨、出让、出租、入股等。有偿取得的国有土地使用权可以依法转让、出租、抵押和继承。划拨土地使用权在补办出让手续、补缴或抵交土地使用权出让金之后，才可以转让、出租、抵押。

农民集体土地使用权是指农民集体土地的使用人依法利用土地并取得收益的权利。农民集体土地使用权可分为农用土地使用权、宅基地使用权和建设用地使用权。农用地使用权是指农村集体经济组织的成员或者农村集体经济组织以外的单位和个人从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产的土地使用权。宅基地使用权是指农村村民住宅用地的使用权。建设用地使用权是指农村集体经济组织兴办乡(镇)企业和乡(镇)村公共设施、公益事业建设用地的使用权。按照《土地管理法》的规定，农用地使用权通过发包方与承包方订立承包合同取得。宅基地使用权和建设用地使用权通过土地使用者申请，县级以上人民政府依法批准取得。