(1)房屋所有人出售给政府。在出售给政府时，免缴相关税费、土地出让金等。价格可以按转让时当地市场价格一定比例核定。政府购买后，可以出售给符合购买经济适用房条件的人员，或者用于廉租房出租。

(2)出售给限定的受让人。即直接出售给符合购买经济适用房或者限价房条件的购房人员。在此情况下，由政府核定购买价格，如，可以按经济适用房价格或限价房价格出售，并根据情况相应地降低补缴或者免缴土地出让金及相关税费。是免还是减，应根据具体购房者的具体情况确定。当然，出售给政府与出售给限定人员之间的政策应当协调一致。

(3)出售给其他一般购房者。即购房者直接进入二手商品房市场，受让人为普通购房者，但在出让并办理过户手续时，必须补缴土地出让金和相关税费。此时补缴相关费金对于卖方来说并无付出多少，影响的仅仅是其利润而已。因为，从购房到其出售，整个房价可能已有较大的增值，这样出售房屋的原购房人，补缴相关土地出让金等并未增加其经济负担。补缴土地出让金及相关税费应根据转让时的市场及相关规定进行核定。

3、核发普通房屋产权证书。购房人在初次办理房屋所有权证时可以直接补缴土地出让金及相关税费，并取得普通房产证和土地使用权证书。取得该房产证的房屋所有权人相同于普通商品房的购房者，所有权人可以自己居住，也可以依法直接上市交易，受让人不受任何限制。

对于上述三种方式，购房者在办理产权证书时可以自愿选择。

五、对村集体和房地产开发单位的处罚

对于村委会或者村集体来说，不宜给与没收所得、罚款等经济处罚。理由是：(1)如果对村委会或者村集体给与经济处罚，包括没收售房所得、罚款等，事实上是对农民给与处罚，农民是经济处罚的最终承担者，如此这样不符合维护农民利益原则。(2)更重要的是，他们已经失去了土地，如果再对他们进行经济处罚，农民将最终一无所获，失去了生存或生活保障，这样不但给社会和国家带来很大的社会负担，而且将引发和激化社会矛盾。(3)某些村集体对开发建设小产权房，对本集体成员采用股份制。村委会售房后，所得的款项可能已根据股份向本集体的成员分发该售房利润。如果没收售房款，无疑要求分得利润的成员退还所得利益，这样做实践中很难行得通。

(4)社会公众本来对于建设用地必须先征为国有，再由国家出售给开发商，国家垄断土地市场，从中牟取暴利这一规定普遍强烈反对，认为该法已属于恶法，众怒难平。如果再对他们进行经济处罚，就更讲不通。因此，笔者认为对村委会或者说村集体不宜进行经济处罚。当然，对于直接责任人或有其他严重违法行为，可依据相关法律给与惩处。

如果必须补缴土地出让金、没收售房所得或者罚款，笔者认为，该款项不应上缴国库，而是应当建立专项基金，由当地社会保障部门管理和使用，用于当地农民的医疗、养老等社会保障，做到取之民用之于民，以避免或减少社会矛盾和负担，带来不必要的社会问题。当然对于严重违犯土地法等相关法规，毁坏耕地或者有其他违法行为的直接责任人可依法给与相应处罚。

对于房地产开发公司应有所不同，他们不是土地的所有者，擅自在集体土地上开发建设商品房，牟取利益，应当给予处罚，如没收所得、罚款等处罚。以维护法律的严肃性，以杜绝再次非法开发建设。但对于没收所得的款项同样不应当上缴国库，而应当归入上述所谈的专项基金。

处理小产权房涉及千家万户，关系各方切身利益。因此，必须综合全面考虑，兼顾各方利益。处理现有小产权房仅仅是开端，关键的问题是如何改变这种局面。短期内是加强对房地产开发非法用地进行积极有效的监管，避免新的小产权房的出现。但从长远分析，出现小产权房的根本原因是现行土地制度。因此取消目前所实行的国家先征地后卖地，垄断土地市场的规定，允许集体所有的土地直接进入市场，实现集体对土地的真正所有，而不是现在的一方面规定集体享有土地所有权，但却无处分权的假所有权，这是消灭小产权房的根本所在。可喜的是，现在某些地方已经进行了集体所有的土地直接进入市场的试点工作，相信不久的将来会全面实现。另外，有效降低房价，特别加大经济适用房、限价房、廉租房供应量，使更多的低收入者居者有其屋，对于解决小产权房具有积极作用。