根据2012年1月1日起施行的《行政强制法》第二十六条，因查封、扣押发生的保管费用由行政机关承担。然而，在实践中，行政机关往往与第三方约定，指定由第三方进行保管，导致被扣押财产的当事人承担了这笔费用，损害了当事人的合法权益。因此，当事人可以依法向法院提起诉讼。根据法律规定，对查封的场所、设施或者财物，行政机关可以委托第三人保管，因查封、扣押发生的保管费用由行政机关承担。所以，答案是“行政机关”。