(1)预算控制。包括建立预算的编制、审批、执行、调整、考核等管理制度。特别要求医疗机构要按照批准的年度预算组织收入、安排支出、严格控制无预算支出。

(2)收入控制。涵盖建立健全收入、价格、医疗预收款、票据、退费管理制度及岗位责任制。

(3)支出控制。健全支出的申请、审批、审核、支付等制度，明确支出审批权限，责任和相关控制措施。(4)货币资金控制。建立严格的货币资金业务授权批准制度，明确被授权人的审批权限、审批程序。(5)药品和库存物资控制。制定科学规范的药品及库存物资管理流程，明确计划编制、审批、取得、验收入库、付款、仓储保管、领用发出与处置等环节的控制要求。

(6)固定资产控制。制定固定资产管理业务流程，明确取得、验收、使用、保管、处置等环节的控制要求。

(7)工程项目控制。建立健全工程项目管理制度和岗位责任制，制定项目决策，概算编制，项目实施，价款支付、竣工决策、竣工审计业务流程。

(8)对外投资控制。建立对外投资项目立项、评估、决策环节的有效控制措施。

(9)债权和债务控制。建立健全应收款、应付款项审批手续、清欠核对报告、定期清理等制度。

(10)财务电子信息化控制。明确其功能，业务流程，操作授权、数据结构和数据校验等方面必须符合会计机构的要求。