会计机构应遵循以下基本原则：

(1)合规合法原则。内部财务会计控制应当符合国家有关法律法规和会计基础工作规范，以及单位的实际情况。

(2)全员性原则。内部财务会计控制应当约束医院内部涉及会计工作的所有人员，任何个人都不得拥有超越内部会计控制的权力。医院院长应当对本院的内部会计控制的建立健全及有效实施负责。

(3)全面性与系统性结合原则。内部财务会计控制应当涵盖医院内部涉及会计工作的各项经济业务及岗位。并应针对业务处理过程中关键控制点。落实到决策、执行、监督、反馈等各个环节。

(4)权责明确、相互制衡原则。内部会计控制应当保证医院内部涉及会计工作的机构、岗位的合理设置及其职责权限的合理划分，坚持不相容职务相互分离，确保不同机构和岗位之间权责分明、相互制约、相互监督。

(5)成本效益原则。内部财务会计控制应当遵循成本效益原则，以合理的成本达到最佳的控制效果。(6)动态性原则。内部财务会计控制应随着外环境的变化，医院业务职能的调整和管理要求的提高，不断修改和完善。