按土地增值税条例及实施细则等相关文件规定，二手房转让土地增值税的计税依据是转让房地产所取得的增值额。纳税人转让二手房所取得的收入减除规定扣除项目金额后的余额为增值额。增值额乘以适用税率(土地增值税采用四级超率累进税率，最低税率为30%，最高税率为60%)即可计算出应缴土地增值税。在整个计算过程中，扣除项目金额的认定尤为重要。扣除项目金额主要包括三部分：

(1)取得土地使用权所支付的金额指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。根据财税字[1995]048号文件规定，对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。

(2)房屋及建筑物的评估价格。评估价格是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。

(3)其他扣除项目金额主要包括在转让环节缴纳的税金(如卖方缴纳的营业税及附加、印花税等税金)、旧房评估费用、按国家统一规定交纳的有关费用(如交易费等)。根据21号文件规定，纳税人转让二手房，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额和旧房及建筑物的评估价格两项金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让二手房，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征管法》第35条的规定，实行核定征收。