依据国家税务总局的相关规定，因破产注销税务登记的企业，如果进项税额大于销项税额后不足抵扣部分，税务机关不再退税。

《国家税务总局关于企业破产、倒闭、解散、停业后增值税留抵税额处理问题的批复》

对因破产、倒闭、解散、停业而注销税务登记的企业，其原有的留抵税额的处理问题，《国家税务总局关于印发〈增值税问题解答(之一)〉的通知》已明确法规：纳税人破产、倒闭、解散、停业后，其期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分(即留抵税额)，税务机关不再退税。